Il possente maniero che domina la cittadina del Vulture è stato, specie in epoca Medioevale, sede di numerosi e importanti avvenimenti storici. In particolare tra XI e XIII secolo, quando Melfi risulta una delle sedi feudali preferite sia dalla dinastia degli Altavilla, signori normanni fondatori del Regno di Sicilia, sia di quella Sveva degli Hohenstaufen, in primis dello stesso imperatore Federico II.
Grazie alla sua rilevanza strategica nello scacchiere Meridionale, era stato già scelto nel 1059 e nel 1067 per due Concili convocati rispettivamente da papa Niccolò II e papa Alessandro II. Ma fu il Terzo, inaugurato il 10 settembre 1089 da papa Urbano II, a rivestire un’importanza fondamentale nella storia della Civiltà Occidentale.
Fu qui, infatti, che il pontefice bandì la Prima Crociata, ponendo le basi per l’avvio di quel “pellegrinaggio armato” che avrebbe portato, qualche anno più tardi, migliaia di cattolici provenienti dalle Fiandre, dalla Francia, dall’Italia e dall’Oriente Bizantino ad invadere e conquistare i luoghi della Terra Santa. Non a caso, infatti, alcuni dei principali comandanti della spedizione crociata erano presenti al concilio melfitano. Tra essi, il primo figlio di Roberto il Guiscardo, Boemondo d’Altavilla, Principe di Taranto e riconosciuto, proprio in questa sede, signore di Bari, Montepeloso (Irsina) e Torre di Mare (Metaponto), e suo nipote Tancredi d’Altavilla. Il primo, tra i più noti eroi della Prima Crociata, divenne dopo la vittoria Principe d’Antiochia; Tancredi, invece, fu nominato Principe di Galilea.
Il sinodo fu fondamentale soprattutto sotto l’aspetto politico, giacché il papa e i principi normanni gettarono le fondamenta per una lega che comprendesse, oltre i valenti cavalieri meridionali, l’imperatore bizantino Alessio I Comneno, di cui il papa ritirò la scomunica assicurandosi il suo supporto alla spedizione.
Nel corso del concilio, inoltre, il papa affermò la ferma condanna delle pratiche di simonia e concubinato tra i religiosi e stabilì per loro l’obbligo del celibato.