Il 9 febbraio 1799, dopo le notizie arrivate da Napoli della vittoria francese sugli spagnoli, in città fu innalzato “l’albero della libertà” coi colori della bandiera francese, al posto della statua di Carlo III. A contendersi il governo di Matera erano Fabio Mazzei, avvocato dei poveri e schierato con la repubblica, e il duca Giulio Malvinni-Malvezzi, aristocratico legato alla monarchia. Il giorno successivo in piazza della Fontana, (l’attuale piazza Vittorio Veneto), si tenne un pubblico parlamento e la presidenza fu assegnata all’avvocato Mazzei. Malvinni-Malvezzi, pertanto, aizzò il popolo alla rivoluzione. Il 6 marzo venne abbattuto “l’albero della libertà” e sventolarono le bandiere coi colori della monarchia: il duca era riuscito a ribaltare la situazione. Quando il popolo si rese conto che la nuova amministrazione sarebbe stata esattamente come la vecchia, e che quindi la miseria non sarebbe mai finita, ci fu la ribellione. I contadini si rivoltarono contro tutti i possidenti, i cosiddetti “signori”, sia monarchici che repubblicani: tutti, indistintamente, furono costretti a fuggire da Matera per paura. L’11 aprile 1799 giunse la notizia di una punizione da parte dei francesi ai materani, per aver preferito di nuovo la monarchia. I materani scapparono, ma in realtà la rappresaglia non ci fu mai.
Ritornò sul trono Ferdinando I fino al 1806, quando Giuseppe Bonaparte (fratello del più famoso Napoleone) invase il Regno di Napoli per scacciare i Borboni, e divenne re. Per farsi conoscere dalle principali province del Regno, il nuovo sovrano intraprese un viaggio che, il 5 maggio 1806, lo condusse a Matera.
Venne accolto con applausi, archi trionfali, fuochi d’artificio, trombe e feste a suon di “Viva il re”. Dopo la funzione in cattedrale, vi furono una cena a palazzo Malvinni Malvezzi e una sontuosa festa da ballo a palazzo Ferraù (l’odierno palazzo Bernardini). I materani per il loro atteggiamento ambiguo degli anni precedenti nei confronti dei francesi, temevano rappresaglie e regolamenti di conti, ma così non fu e l’indomani il re partì alla volta di Gravina.
Ma il “colpo basso” arrivò l’8 agosto 1806 quando il capoluogo della Basilicata venne trasferito da Matera a Potenza, per valorizzare una provincia più vicina al Regno di Napoli. La città di Potenza era più forte e impenetrabile rispetto ad altre, grazie alla sua posizione geografica circondata da montagne. Matera perse tutto e dovette sottostare all’umiliazione della Sottintendenza, nonostante avesse una popolazione più numerosa rispetto all’altra città. Stesso destino toccò alla vicina Trani, ad indicare il forte potere centrale francese.