Il 10 settembre 1089 si apre il Terzo Concilio a Melfi. I lavori sono diretti da Papa Urbano II. Si tratta del Terzo concistoro – dei cinque che nella storia avranno luogo nella Capitale dei Normanni – un evento che si sarebbe rivelato di estrema importanza per le sorti del Cristianesimo in tutto il mondo.
Il pontefice, stabilitosi presso il nobile Ruggero Borsa, invita per l’occasione ben settanta vescovi provenienti da tutto il sud Italia. I religiosi accorrono da Puglia, Calabria e Molise: tra questi l’Abate Elia e l’Arcidiacono Giovanni, da Bari.
Anche il Terzo sinodo Papale, come quelli che lo avevano preceduto, consterà di una serie di pratiche e accordi che fanno da corollario al concilio stesso, degni di particolare valenza storica e politica.
In quei giorni il Papa rende omaggio ai nobili e riceve, a sua volta, da Ruggero Borsa il ducato di Puglia e Calabria.
La storia scritta nel Concilio Terzo di Melfi sarà, dunque, anche una storia di compromessi di palazzo. Oltre a una sostanziale riforma della disciplina monastica, quello per cui sarebbe stato ricordato il sinodo del 1089, però, sarebbe stato ben altro. Proprio a Melfi, Urbano II, infatti, getta le basi per invocare la prima crociata in Terra Santa, spedizione che avrebbe avuto inizio sette anni dopo.